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protocol

hic & rna

Protocol for constructing scRNA-seq and scHi-C library updated by Y.MO on 2021/02/25 试剂 名称 母液 储液 备注 PBS     公用 ...

Posted by Yajin on February 20, 2021

Homework_2020Bioinformatics

Structure-seq

YajinMo_Homework_2020/12/03 Structure-seq 简述structure-seq的原理，查阅文献解释reactivity的含义 Structure-seq利用试剂结合in vivo状态或者模拟in vivo状态的折叠RNA，在二级结构位置形成A-C或其他单碱基突变，又或者形成阻遏碱基配对的化学修饰，使得逆转录记录下该位点的单碱基突变或者在突变位...

Posted by Yajin on January 20, 2021

Homework_2020Bioinformatics

Ribo-seq

YajinMo_Homework_2020/12/03 Ribo-seq 解释TE的含义，用教程中的示例文件算出TE，并画出TE的分布 TE代表转录RNA的使用率，即多少比例的转录后RNA真正用于蛋白的翻译，通常用ribo-seq的RPKM除以RNA-seq的RPKM得出。

Posted by Yajin on January 20, 2021

Homework_2020Bioinformatics

RNA Editing

YajinMo_Homework_2020/12/03 RNA Editing 理解示例文件运行完的输出结果中chr1.editingSites.vcf和chr1.editingSites.gvf的含义 VCF文件全全称variant call format，每一列的含义如下 1.CHROM: The name of the sequence (typically a chr...

Posted by Yajin on January 20, 2021

Homework_2020Bioinformatics

Structure Motif

YajinMo_Homework_2020/12/03 Structure Motif motif结构预测结果一般使用weblogo或者其他logo软件可视化： 横坐标代表序列位置； 纵坐标分为probability和bits两种，前者表示各个位点不同核苷酸/氨基酸所占概率，后者表示信息熵，计算公式为H = -∑(Pilog2(Pi))，数值越大表示...

Posted by Yajin on December 3, 2020

Homework_2020Bioinformatics

Sequence Motif

YajinMo_Homework_2020/11/02 Task 01 理解“concatenate sequences of the same 3’UTR”的含义，并找出一个具体的gene的3’UTR当做例子，解释这一步实现的效果。 M：这一步是提取fa文件中相同基因的名字和序列，将名字中加号/减号删除后把对应序列拼接起来。 例如基因ENST00000568319.5，在自定义函数...

Posted by Yajin on November 2, 2020

A pipeline for RNASeq data analysis in R

Team in Bioinformatics

Bioinfomatics Group 2 RNA-seq analysis 陈卓、莫亚金、王艺、危子航 共同出品 本文通过R语言，以TCGA中下载的关于肝癌和正常组织的RNA-seq表达矩阵为例，进行差异表达分析的流程演示。 具体流程和过程中生成的文件如下图： 通过这一套流程，我们希望找出癌变组织与正常组织之间的差异基因、各个样本所属的类群、差异基因的蛋白质互作关系，并...

Posted by Yajin on October 26, 2020

Frontiers in Single Cell Genomics

Schedule

Frontiers in Single Cell Genomics - CSHAsia Oct 27,2020 - Oct 29, 2020 About this event Frontiers in Single Cell Genomics Suzhou, China October 27-29, 2020 Virtual Abstract deadline: September...

Posted by Yajin on October 21, 2020

Homework_2020Bioinformatics

DE & R

YajinMo_Homework_2020/10/12 Task01 提交差异表达的gene的 name，注明相关的fold change, p-value，FDR(q value) 等信息, 并提交绘制的 Volcano Plot。(基因列表和图最好放到一个word/pdf文件中提交）。 Figure1.差异基因表，根据 pvalue<0.05 & qval...

Posted by Yajin on October 12, 2020

Homework_2020Bioinformatics

Bash

YajinMo_Homework_2020/10/06 Task 写出一个 bash 脚本，可以使它自动读取一个文件夹（例如bash_homework/）的内容，将该文件夹下文件的名字输出到 filenames.txt, 子文件夹的名字输出到 dirname.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22...

Posted by Yajin on October 6, 2020

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