YajinMo_Homework_2020/10/12
Task01
提交差异表达的gene的 name，注明相关的fold change, p-value，FDR(q value) 等信息, 并提交绘制的 Volcano Plot。(基因列表和图最好放到一个word/pdf文件中提交）。
Figure1.差异基因表，根据 pvalue<0.05 & qvalue>0.05 条件筛选出差异基因，其fold-change因为dropout变为正负无穷值。
Task02
寻找 differentially expressed genes/transcripts时要对数据做怎样的处理？这些处理有哪些统计学上的考虑？
Y.MO: 对于两个生物对照来说，fold-change和置信度指标是差异分析的主要目标，因此对于数据中零数据以及dropout带来的问题需要有针对性的处理，不管是从湿实验的角度提高测序深度，亦或者是干实验的角度利用机器学习模拟非零值/提前去除零值。
Task03
用R语言实现vcd包的一系列任务
- 安装vcd包（一个用于可视化类别数据的包）
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install.packages("vcd")
- 列出此包中可用的函数和数据集。
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help(package="vcd")
- 载入这个包并阅读数据集Arthritis的描述。
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library(vcd)
- 显示数据集Arthritis的内容（直接输入一个对象的名称将列出它的内容）。
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Arthritis
- 运行数据集Arthritis自带的示例（尝试用example命令）。
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example(Arthritis)
